Jedno od veoma složenih pitanja u vezi računovodstvenog i knjigovodstvenog tretmana poreza na dodatu vrednost jeste i pitanje tretmana PDV-a kod prefakturisanja. Postojeći pravni okvir nije u dovoljnoj meri precizan po pitanju ove situacije, odnosno ne postoji direktan odgovor na ovo pitanje.

Pravilan tretman PDV-a kod prefakturisanja je veoma važan iz dva razloga:

1) ako poreski obveznik na svojoj izlaznoj fakturi u koju je uključio prefakturisane troškove, ne obračuna PDV, a trebao je, izlaže se riziku da mu to naloži poreska kontrola i uz to obračuna zateznu kamatu i odredi kaznu predviđenu za neobračunavanje PDV-a;
2) ako poreski obveznik na svojoj izlaznoj fakturi u koju je uključio prefakturisane troškove, obračuna PDV, a nije trebao, dužan je platiti iznos obračunatog PDV-a čak i ako ga nije trebao obračunati. Sa druge strane, poreski obveznik koji prima fakturu na kojoj je obračunat PDV koji nije trebao biti obračunat, ne može isti koristiti kao ulazni, odnosno odbitni PDV.
Prema članu 3. Zakona o porezu na dodatu vrednost predmet oporezivanja PDV su isporuka dobara i pružanje usluga koje poreski obveznik izvrši u Republici Srbiji uz naknadu, u okviru obavljanja delatnosti. Isporuka dobara i pružanje usluga predstavljaju promet dobara i usluga. Ukoliko potraživanje prema komitentu po osnovu prefakturisanih troškova nije zasnovana na prometu dobara i usluga, onda se na ta potraživanja ne obračunava PDV. To znači da prefaktorisani troškovi nisu u direktnoj vezi sa prometom dobara i usluga, već su ti troškovi nastali po drugom osnovu. Na primer plaćanje naknada i taksi u ime i za račun drugog pravnog lica.